模拟计算液相的表面张力(surface tension),多分子堆积成液相盒子,在NPT系综下进行分子动力学(molecule dynamics, MD)计算。分子输入的格式可以是.sdf, .mol, .csv以及smiles等多种格式
输入一个包含多个asymmetric thiol addition反应条目的smiles的文件,对所条目进行选择性预测,并输出预测结果
模拟计算液相的介电常数,(dielectron constant or permittivity),多分子堆积成液相盒子,在NPT系综下进行分子动力学(molecule dynamics, MD)计算。分子输入的格式可以是.sdf, .mol, .csv以及smiles等多种格式
为分子的每个原子分配合适的原子类型。确认原子类型,后续才能获取相应的力场参数
利用力场计算分子的hessian矩阵
通过拓扑分析,确认分子中每个原子的杂化形式
改变三个原子的角度,对键角进行弯曲操作
基于分子力学的方法,计算分子的质心
利用力场和分子力学方法,计算分子的偶极矩
相对水合自由能,多个分子之间的相对水合自由能差
对化合物分子(ligand),进行预处理,如质子化等操作
利用分子力学方法,计算分子的表面积
相对溶解度,分子间相对溶解度
通过拓扑分析,确认分子内能形成相互作用的位点
利用力场,对分子的所有可旋转键(torsion)进行势能面扫描,得到torsion的势能面曲线
改变两个原子间的距离,对键长进行拉伸操作
完全由 YAML 定义任务,适合复现或批量任务
输入一个包含多个反应物组的smiles的文件,对所有的反应物组进行正向合成预测,预测可能的产物分子,模型基于USPTO_STEREO数据集训练
输入一个包含多个反应物组的smiles的文件,对所有的反应物组进行正向合成预测,预测可能的产物分子,模型基于USPTO_480k数据集训练
安装燧人反应预测模型的核心模型RXNGraphormer
模拟计算液相的蒸发焓(heat of vaporization, enthalpy of vaporization, HOV),多分子堆积成液相盒子,在NPT系综下进行分子动力学(molecule dynamics, MD)计算。分子输入的格式可以是.sdf, .mol, .csv以及smiles等多种格式
模拟计算液相的多种性质,包括密度、蒸发焓、压缩系数、热膨胀系数、热容、扩散系数、热传导系数等,多分子堆积成液相盒子,在NPT系综下进行分子动力学(molecule dynamics, MD)计算。分子输入的格式可以是.sdf, .mol, .csv以及smiles等多种格式
模拟计算液相的密度,多分子堆积成液相盒子,在NPT系综下进行分子动力学(molecule dynamics, MD)计算。分子输入的格式可以是.sdf, .mol, .csv以及smiles等多种格式
利用力场和分子力学方法,计算分子的转动惯量
利用力场和分子力学方法,计算分子的八极矩
模拟计算液相的压缩系数(isothermal compressibility),多分子堆积成液相盒子,在NPT系综下进行分子动力学(molecule dynamics, MD)计算。分子输入的格式可以是.sdf, .mol, .csv以及smiles等多种格式
绝对油水分配系数 (logP),单分子在溶剂相间的分配
利用力场,进行结构优化计算
通过拓扑分析,确认分子内包括的环结构
输入一个包含多个Suzuki-Miyaura反应条目的smiles的文件,对所条目进行产率预测,并输出预测结果