基于分子力学,计算分子的体积中心
利用力场计算分子的振动频率
为分子的每个原子分配合适的原子类型。确认原子类型,后续才能获取相应的力场参数
利用力场计算分子的能量
模拟计算液相的多种性质,包括密度、蒸发焓、压缩系数、热膨胀系数、热容、扩散系数、热传导系数等,多分子堆积成液相盒子,在NPT系综下进行分子动力学(molecule dynamics, MD)计算。分子输入的格式可以是.sdf, .mol, .csv以及smiles等多种格式
利用力场和分子力学方法,计算分子的四极矩
基于分子力学,计算分子的几何中心、质点、体积中心等
通过拓扑分析,确认分子内包括的手性原子
利用分子力学方法,计算分子的表面积
输入一个包含多个化合物的smiles的文件,对所有的分子进行逆合成分析,模型基于USPTO_50k数据集训练
利用力场计算分子中每个原子所受的力
改变某些原子之间的结构参数,进行拉伸、弯曲、旋转等操作
通过拓扑分析,确认分子内包括的官能团
输入一个包含多个Buchwald-Hartwig反应条目的smiles的文件,对所条目进行产率预测,并输出预测结果
气相中的分子模拟(单分子的MD模拟),构建单分子或少量分子体系,无溶剂
模拟计算液相的热膨胀系数(coefficient of thermal expansion),多分子堆积成液相盒子,在NPT系综下进行分子动力学(molecule dynamics, MD)计算。分子输入的格式可以是.sdf, .mol, .csv以及smiles等多种格式
模拟计算液相的等压热容(heat capacity, cp),多分子堆积成液相盒子,在NPT系综下进行分子动力学(molecule dynamics, MD)计算。分子输入的格式可以是.sdf, .mol, .csv以及smiles等多种格式
绝对溶解度,单分子溶解度相关计算
模拟计算液相的扩散系数(diffusion coefficient, dc),多分子堆积成液相盒子,在NPT系综下进行分子动力学(molecule dynamics, MD)计算。分子输入的格式可以是.sdf, .mol, .csv以及smiles等多种格式
输入一个包含多个Suzuki-Miyaura反应条目的smiles的文件,对所条目进行产率预测,并输出预测结果
利用力场,对分子的所有可旋转键(torsion)进行势能面扫描,得到torsion的势能面曲线
绝对油水分配系数 (logP),单分子在溶剂相间的分配
输入一个包含多个化合物的smiles的文件,对所有的分子进行逆合成分析,模型基于USPTO_full数据集训练
绝对水合自由能,单分子的水合自由能
模拟计算液相的粘度(viscosity),多分子堆积成液相盒子,在NPT系综下进行分子动力学(molecule dynamics, MD)计算。分子输入的格式可以是.sdf, .mol, .csv以及smiles等多种格式
利用力场计算分子的hessian矩阵
利用力场和分子力学方法,计算分子的转动惯量
利用力场和分子力学方法,计算分子的八极矩
利用力场,进行结构优化计算
基于分子力学的方法,计算分子的几何中心