Microbiólogos

Bio Workflows Genome Assembly Pipeline

End-to-end genome assembly workflow from reads to polished assembly with QC. Supports short reads (SPAdes), long reads (Flye), and hybrid approaches. Use when assembling genomes from raw reads.

Base de Conocimientos

Literature Scout

Capture external literature search results into kb/library/search/results/ without directly mutating the canonical literature library. Use when Codex needs to search for new papers, blogs, or project pages, stage external evidence for later ingestion, or document why more evidence is needed before an idea decision.

caozx11104

Metagenome Taxonomic Profiling

Profile microbial community composition from shotgun metagenomic reads using Kraken2/Bracken or MetaPhlAn 4.

Scientific-Tooling4

Search Sra

Search NCBI Sequence Read Archive (SRA) for sequencing runs, experiments, studies, and samples using E-utilities or the NCBI Datasets CLI.

Scientific-Tooling4

Computación Científica

Bio Flow Cytometry Fcs Handling

Read and manipulate Flow Cytometry Standard (FCS) files. Covers loading data, accessing parameters, and basic data exploration. Use when loading and inspecting flow or mass cytometry data before preprocessing.

Química Computacional

Dna Assembly

Guidance for Golden Gate assembly primer design and DNA assembly tasks. This skill should be used when designing primers for Golden Gate cloning, Type IIS restriction enzyme assembly, or multi-fragment DNA assembly workflows. It covers overhang selection, primer structure, assembly simulation, and verification strategies.

Química Computacional

DNA Insert Primer Design

Specialized skill for designing primers to insert DNA sequences into circular plasmids using Q5 site-directed mutagenesis (SDM). This skill should be used when tasks involve inserting sequences into plasmids, designing primers for Q5 SDM insertions, or converting an input plasmid to an output plasmid with additional sequence. The skill provides workflows for understanding Q5 SDM mechanics, proper primer design with annealing regions, Tm calculation, and critical verification strategies.

Bio Microbiome Diversity Analysis

Alpha and beta diversity analysis for microbiome data. Calculate within-sample richness, evenness, and between-sample dissimilarity with phyloseq and vegan. Use when comparing community composition across samples or testing for group differences in microbiome structure.

Entrenadores físicos e instructores de fitness

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Microbiólogos

Bioquímicos y biofísicos

Matemáticos

Científicos médicos, excepto epidemiólogos

Físicos

Tutores

Docentes de educación técnica superior

Químicos

Científicos ambientales

Docentes de filosofía y religión

Docentes de antropología y arqueología

Docentes de lengua y literatura inglesa

Docentes de ciencias matemáticas

Científicos de materiales

Analistas de investigación de operaciones

Docentes de educación primaria

Científicos políticos

Profesores de sociología (universitarios)

Epidemiólogos

Docentes de lenguas extranjeras

Profesores de educación

Instructores de educación para adultos

Sociólogos

Docentes de economía

Investigadores de encuestas

Psicólogos clínicos y consejeros

Consejeros educativos y vocacionales

Trabajadores de recreación

Instructores de desarrollo personal

Profesores de especialidades de salud

Profesores de ingeniería

Profesores de historia

Zoólogos y biólogos de vida silvestre

Trabajadores agrícolas y de viveros

Geógrafos

Asistentes de docencia universitaria

Trabajadores de cuidado infantil

Asistentes de investigación en ciencias sociales

Antropólogos y arqueólogos

Astrónomos

Profesores de negocios

Profesores de educación secundaria

Atletas y competidores deportivos

Profesores de física

Geocientíficos

Cuidadores de animales

Profesores de ciencias biológicas

Profesores de psicología

Inspectores agrícolas

Profesores de comunicación

Profesores de ciencia política

Entrenadores y reclutadores deportivos

Psicólogos industriales y organizacionales

Entrenadores de animales

Historiadores

Maestros de preescolar

Maestros de escuela secundaria

Especialistas en educación sanitaria

Profesores universitarios de química

Profesores universitarios de recreación y fitness

Trabajadores de jardinería y mantenimiento

Científicos de suelos y plantas

Profesores universitarios de derecho

Maestros de educación especial

Ingenieros de minas y geológicos

Profesores universitarios de ciencias de la tierra y el espacio

Maestros de jardín de infancia

Trabajadores agrícolas y ganaderos

Científicos de conservación

Científicos y tecnólogos de alimentos

Técnicos químicos

Técnicos en topografía y cartografía

Profesores de educación técnica (secundaria)

Científicos de animales

Criadores de animales

Árbitros y oficiales deportivos

Profesores de educación técnica (secundaria baja)

Hidrólogos

Planificadores urbanos y regionales

Asistentes veterinarios y cuidadores de animales de laboratorio

Trabajadores de pesca y caza

Técnicos nucleares

Asistentes de enseñanza (preescolar a secundaria)

Técnicos en ciencias y protección ambiental

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Machine Learning

Brian2 Simulation

Use this Skill to simulate spiking neural networks with Brian2: LIF/AdEx neurons, STDP, recurrent networks, raster plots, and mean-field analysis.

xjtulyc21

Machine Learning

Spike Sorting

Automated spike sorting pipeline using SpikeInterface with Kilosort2/Mountainsort5, quality metrics, and Phy export for extracellular neural recordings.

xjtulyc21

Screpcombiningexpression

Combine scTCR/BCR repertoire data with scRNA-seq expression data using `scRepertoire::combineExpression()`. This process integrates immune receptor information (CDR3 sequences, V(D)J genes, clonotypes) into a Seurat object's metadata, enabling clonotype-aware gene expression analysis.

Topexpressinggenesofallcells

Identifies and visualizes the top expressing genes per cluster across ALL cells (before T/B cell selection), followed by pathway enrichment analysis. Provides initial overview of all cell populations by highlighting the most highly expressed genes and their biological functions.

Immunopipe Config

Master skill for generating immunopipe pipeline configurations. Determines pipeline architecture based on data type (scRNA-seq with or without scTCR/BCR-seq) and analysis requirements. Routes to individual process skills for detailed configuration. Use this skill when starting a new immunopipe configuration or modifying pipeline-level options.

Scfgsea

Performs fast Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) on single-cell data using fgsea R package. Identifies enriched biological pathways by ranking genes based on differential expression between cell groups. Generates enrichment scores, significance metrics, and publication-ready visualizations.

Cdr3aaphyschem

Analyzes physicochemical properties of CDR3 amino acid sequences to understand biochemical characteristics of T-cell receptor repertoires. Performs regression analysis between two cell groups at different CDR3 lengths for each physicochemical feature (hydrophobicity, volume, isoelectric point, etc.).

Neuropixels Data Analysis

Neuropixels neural recording analysis. Load SpikeGLX/OpenEphys data, preprocess, motion correction, Kilosort4 spike sorting, quality metrics, Allen/IBL curation, AI-assisted visual analysis, for Neuropixels 1.0/2.0 extracellular electrophysiology. Use when working with neural recordings, spike sorting, extracellular electrophysiology, or when the user mentions Neuropixels, SpikeGLX, Open Ephys, Kilosort, quality metrics, or unit curation.

diegosouzapw20

Microbiome Curation

Skill for curating microbiome-related pathophysiology in the dismech knowledge base. Use this skill when adding dysbiosis mechanisms, ecological concepts (Anna Karenina, keystone taxa, colonization resistance), SCFA/metabolite pathways, and linking microbial ecology to disease pathophysiology. Covers IBD, C. diff, obesity, and other microbiome-associated conditions.

monarch-initiative18

Base de Conocimientos

Initiate New Disorder Creation

Skill for initiating new disorder YAML files in the dismech knowledge base. Use this skill when the user asks to create a new disorder entry. Also useful for enhancing existing entries.

monarch-initiative18

Reafference Corollary Discharge

Von Holst reafference and corollary discharge for behavioral verification and signal processing

plurigrid17

Análisis de Datos

Anndata

This skill should be used when working with annotated data matrices in Python, particularly for single-cell genomics analysis, managing experimental measurements with metadata, or handling large-scale biological datasets. Use when tasks involve AnnData objects, h5ad files, single-cell RNA-seq data, or integration with scanpy/scverse tools.

Machine Learning

scikit-survival: Survival Analysis in Python

Comprehensive toolkit for survival analysis and time-to-event modeling in Python using scikit-survival. Use this skill when working with censored survival data, performing time-to-event analysis, fitting Cox models, Random Survival Forests, Gradient Boosting models, or Survival SVMs, evaluating survival predictions with concordance index or Brier score, handling competing risks, or implementing any survival analysis workflow with the scikit-survival library.

Química Computacional

Torchdrug

Graph-based drug discovery toolkit. Molecular property prediction (ADMET), protein modeling, knowledge graph reasoning, molecular generation, retrosynthesis, GNNs (GIN, GAT, SchNet), 40+ datasets, for PyTorch-based ML on molecules, proteins, and biomedical graphs.

Astronomía y Física

Omero Integration

Microscopy data management platform. Access images via Python, retrieve datasets, analyze pixels, manage ROIs/annotations, batch processing, for high-content screening and microscopy workflows.

Herramientas de Laboratorio

Fungi Identification

使用形态特征、孢子印迹、栖息地分析和季节背景进行真菌的野外鉴定，采用安全第一的方法。涵盖菌盖、菌褶、菌柄和孢子特征、相似种区分、毒性风险评估，以及食用前必须绝对确定的关键规则。适用于遇到未知真菌时、采集食用蘑菇需要在食用前确认物种时、评估花园或房产中的真菌是否有害时，或区分可食用物种与危险的相似种时。

Herramientas de Laboratorio

Pilzbestimmung

Feldbestimmung von Pilzen anhand morphologischer Merkmale, Sporenabdrucke, Lebensraumanalyse und saisonalem Kontext mit einem Sicherheit-zuerst-Ansatz. Umfasst Hut-, Lamellen-, Stiel- und Sporeneigenschaften, Verwechslungspartner- Differenzierung, Toxizitaetsrisikobewertung und die kritische Regel absoluter Sicherheit vor dem Verzehr. Verwenden beim Antreffen eines unbekannten Pilzes, beim Sammeln essbarer Pilze und der Notwendigkeit die Art vor dem Verzehr zu bestaetigen, beim Beurteilen ob Pilze in Garten oder auf dem Grundstueck schaedlich sind oder beim Unterscheiden einer essbaren Art von einem gefaehrlichen Verwechslungspartner.

Depuración

Fungi Identification

Identificación de hongos en campo usando características morfológicas, impresiones de esporas, análisis de hábitat y contexto estacional con un enfoque de seguridad primero. Cubre características de sombrero, láminas, pie y esporas, diferenciación de similares, evaluación de riesgo de toxicidad, y la regla crítica de certeza absoluta antes del consumo. Usar al encontrar un hongo desconocido, al recolectar setas comestibles y necesitar confirmar la especie antes del consumo, al evaluar si los hongos en un jardín o propiedad son dañinos, o al diferenciar una especie comestible de un similar peligroso.

Fungi Identification

形態学的特徴、胞子紋、生息地分析、季節的文脈を使用した安全第一アプローチによる菌類のフィールド同定。傘、ひだ、柄、胞子の特徴、類似種の区別、毒性リスク評価、消費前の絶対的確実性の重要ルールを網羅する。未知の菌類に遭遇した時、食用キノコを採集して消費前に種の確認が必要な時、庭や敷地の菌類が有害かどうかを評価する時、または食用種と危険な類似種を区別する時に使用する。