Paper Evaluator

Phase 1: 연구 설계 식별

1-1. 참조 규칙 로딩

먼저 references/GUIDELINE_SELECTOR.md를 Read 도구로 읽어 식별 규칙을 숙지한다.

1-2. 논문 텍스트 추출

파일 형식에 따라 아래 방식으로 전체 텍스트를 추출한다.

PDF 처리:

import pdfplumber
with pdfplumber.open("paper.pdf") as pdf:
    text = "\n".join(page.extract_text() or "" for page in pdf.pages)

DOCX 처리:

from docx import Document
doc = Document("paper.docx")
text = "\n".join(p.text for p in doc.paragraphs)

텍스트/Markdown은 그대로 활용한다.

1-3. 연구 설계 판정

GUIDELINE_SELECTOR.md의 의사결정 트리와 키워드 사전을 적용한다. 1차 키워드(직접 명시) → 2차 키워드(방법론 단서) → 구조적 단서 순서로 판정한다. 복합 설계는 복합 설계 처리 규칙을 참고한다.

1-4. 사용자 확인 (필수)

설계 식별 후 반드시 아래 형식으로 사용자에게 보고하고 확인을 받는다.

📋 연구 설계 식별 결과

확인된 설계: [설계명]
식별 근거:
  - "[초록에서 발견된 키워드/표현]"
  - "[추가 단서]"

적용할 평가 지침:
  - 보고 지침: [지침명]
  - 질/비뚤림 평가: [도구명]
  - GRADE 적용: [Yes / No]

계속 진행할까요? (다른 설계라면 알려주세요)

사용자가 수정을 요청하면 해당 설계로 재설정 후 진행한다.

Phase 2: 지침 파일 선택적 로딩 (Lazy Loading)

연구 설계가 확정된 후, 해당 설계에 필요한 파일만 Read 도구로 읽는다. 불필요한 파일은 절대 읽지 않는다. 이는 컨텍스트 크기를 줄이고 API 오류를 방지하기 위함이다.

SR이고 진단 정확도 연구를 포함하는 복합 설계라면 PRISMA_2020.md + AMSTAR2.md + QUADAS-2.md를 읽는다. SR/메타분석인 경우 추가로 references/GRADE.md도 읽는다.

지침 파일을 읽은 뒤 각 지침의 항목 목록과 판정 기준을 내부 체크리스트로 구성한다.

Phase 3: 항목별 상세 준수 판정

논문의 각 섹션(제목 → 초록 → 서론 → 방법 → 결과 → 토의 → 기타)을 순서대로 읽으며 지침의 각 항목이 요구하는 내용이 논문에 기술되어 있는지 확인한다.

판정 기준은 다음과 같다.

• Yes (✅): 해당 항목이 논문에 완전하고 명확하게 기술됨
• Partial Yes (⚠️): 부분적으로 기술됨, 일부 요소가 빠져 있거나 불충분
• No (❌): 해당 항목이 전혀 기술되지 않음
• N/A (➖): 해당 연구 설계에 적용 불가한 항목

각 항목에 대해 다음을 기록한다.

• 판정 근거: 논문의 어느 섹션/문장에서 확인했는지 (없으면 "기술 없음")
• 미충족 내용: Partial Yes / No인 경우 무엇이 구체적으로 누락됐는지
• 개선 제안: No / Partial Yes 항목에 대한 보완 방법

준수율 계산 공식:

• 전체 적용 항목 수 = 전체 항목 수 - N/A 항목 수
• 준수율 (%) = (Yes + Partial Yes) / 전체 적용 항목 수 x 100
• 엄격 준수율 (%) = Yes / 전체 적용 항목 수 x 100

Phase 4: GRADE 근거 확실성 등급화

SR / 메타분석으로 확정된 경우에만 실행한다. 다른 설계는 이 단계를 건너뛴다. references/GRADE.md는 Phase 2에서 이미 읽었으므로, 그 내용을 바탕으로 평가한다.

아래 순서로 평가한다.

1. 결과(Outcome) 목록 확인: SR에서 평가한 주요 결과를 논문에서 확인하고, 결과마다 별도 평가한다.
2. 출발점 설정: 포함 연구가 RCT면 High, 관찰연구면 Low에서 출발한다.
3. 5개 하향 도메인 순서대로 판정한다.
   • 비뚤림 위험: SR 내 개별 연구 비뚤림 평가 결과 참조
   • 비일관성: I2 수치, 신뢰구간 중첩 여부
   • 비직접성: PICO 요소와 임상 질문의 일치 여부
   • 비정밀성: OIS 충족 여부, CI 폭
   • 출판 편향: 깔때기 그림, Egger's test 결과
4. 상향 기준 확인 (관찰연구 기반 SR만): 큰 효과 크기, 용량-반응 관계, 반대 방향 교란
5. 최종 등급 산출: High / Moderate / Low / Very Low 중 하나로 결정한다.

Phase 5: Markdown 보고서 출력

references/report_template.md를 Read 도구로 읽어 보고서 구조를 확인한다. 해당 템플릿에 맞춰 논문 평가 결과를 채워서 최종 보고서를 채팅에 출력한다. 보고서는 전체를 Markdown 표 형식으로 구성하여 가독성을 확보한다.

오류 처리 및 예외 상황

파일 읽기 실패 시:

• PDF 텍스트 추출 실패 시 OCR 필요 여부를 사용자에게 안내한다.
• 스캔 PDF는 pytesseract로 OCR 시도 후 재추출한다.

연구 설계 불명확 시:

• GUIDELINE_SELECTOR.md 섹션 6의 프롬프트 템플릿으로 사용자 확인을 요청한다.
• 사용자 응답 기반으로 재진행한다.

초록 없는 논문:

• 제목 + 서론 + 방법 첫 부분 기반으로 판정한다.
• 사용자에게 "초록이 없어 제목과 방법론 섹션 기반으로 설계를 식별했습니다"라고 안내한다.

복합 설계 논문:

• GUIDELINE_SELECTOR.md 섹션 4의 복합 설계 처리 규칙을 적용한다.
• 복수 지침 병행 적용 시 각 지침별로 섹션을 구분하여 보고한다.