Ng Gpc Sc Rna 10x Recluster Seurat

RDS文件参数（必选其一）

注意：如果指定了 --rds_dir 但未指定 --rds，脚本会在该目录下自动查找 *_combined.rds 文件。如果两者都未指定，脚本会报错。

细胞类型定义文件参数（可选）

注意：

• 如果指定了 --cluster_bar_dir 但未指定 --cluster_bar，脚本会在该目录下自动查找 *Barcode_Celltypes.csv 或 *celltype_cluster.xls 文件
• 如果两者都未指定，脚本会跳过自动查找（发出警告）

其他可选参数

SJM作业提交参数（可选）

命令行使用方式

./wrapper_recluster.sh -o <output_dir> --tag <column:value1,value2> [其他参数]

使用示例

示例1：指定完整路径

./wrapper_recluster.sh \
  -o /path/to/output \
  --rds /path/to/rds/data_combined.rds \
  --cluster_bar /path/to/celltypes/Barcode_Celltypes.csv \
  --tag "celltype:T细胞,B细胞"

示例2：使用搜索目录自动查找

./wrapper_recluster.sh \
  -o /path/to/output \
  --rds_dir /path/to/rds/ \
  --cluster_bar_dir /path/to/celltypes/ \
  --tag "celltype:T细胞,B细胞"

示例3：混合使用（RDS自动查找，细胞类型指定路径）

./wrapper_recluster.sh \
  -o /path/to/output \
  --rds_dir /path/to/rds/ \
  --cluster_bar celltypes.csv \
  --cluster_bar_dir /path/to/celltypes/ \
  --tag "celltype:T细胞,B细胞"

示例4：高分辨率再分群

./wrapper_recluster.sh \
  -o /path/to/high_res_output \
  --rds_dir /path/to/rds/ \
  --tag "celltype:T细胞,B细胞" \
  --resolution 1.2 \
  --Nfeatures 3000

示例5：自定义UMAP参数和资源

./wrapper_recluster.sh \
  -o /path/to/custom_output \
  --rds_dir /path/to/rds/ \
  --tag "celltype:T细胞,B细胞" \
  --UMAP_neighbors 50 \
  --UMAP_mindist 0.1 \
  --sjm_memory 64 \
  --sjm_cpu 16

输出规范

输出目录结构

{output}/ ├── log.json # 执行状态日志 ├── skill_jiedu.json # 完整元数据 ├── README.txt # 分析结果说明 ├── Result-{prefix}_ReCluster/ # 再分群分析结果（当Report=YES时） │ ├── Anchors/ # 聚类结果 │ ├── DIFF/ # 差异分析 │ ├── Marker/ # 标记基因 │ ├── CellsRatio/ # 细胞比例 │ └── gene_bar/ # 基因表达数据 ├── Report-{prefix}_ReCluster/ # 分析报告（当Report=YES时） └── log_file/ # 运行日志

主要输出文件

资源自动评估

脚本会根据细胞数量自动计算资源需求：

参数说明

路径解析规则

1. 绝对路径：以 / 开头的路径被视为绝对路径
2. 相对路径：不以 / 开头的路径会相对于对应的 _dir 参数解析
   • --rds 的相对路径相对于 --rds_dir 解析
   • --cluster_bar 的相对路径相对于 --cluster_bar_dir 解析

自动查找规则

1. RDS文件：在 --rds_dir 目录下查找 *_combined.rds 文件
2. 细胞类型定义文件：在 --cluster_bar_dir 目录下按优先级查找：
   • 优先查找 *Barcode_Celltypes.csv
   • 如果未找到，查找 *celltype_cluster.xls

物种信息自动获取

脚本会按以下顺序尝试获取物种信息：

1. 在 --rds_dir 目录中查找 skill_jiedu.json
2. 在 --cluster_bar_dir 目录中查找 skill_jiedu.json
3. 如果都未找到，需要通过 --species 参数手动指定