Paper Check

1. 初稿完成后: 先做全局检查，定位结构性问题
2. 修改后: 逐部分精修（按优先级：摘要 → 引言 → 方法 → 结果 → 讨论 → 结论 → 标题）
3. 投稿前: 再做一轮全局检查，确保一致性

检查模块

0. 全局检查 (Global Review)

在进入逐部分精修前，先进行全局检查，聚焦于逻辑、术语、时态和人称四大维度。

核心检查点:

• 逻辑: 段落间过渡、论证链条连贯性
• 术语: 关键术语与缩写前后一致性
• 时态: 方法/结果用过去时，引言/讨论用现在时
• 人称: 人称使用是否符合期刊规范

输出格式:

1. 全局诊断摘要（Top 5 问题 + 修改路线图）
2. 四维度问题清单（逻辑流/术语/时态/人称）
3. 术语表 Glossary
4. 每条问题包含：位置/类型/描述/证据/修改建议/示例改写

1. 标题校对 (Title Optimization)

标题应同时满足准确性、简洁性与吸引力。

检查维度:

• 准确性: 是否覆盖核心内容（Task + Method 或 Task + Setting）
• 简洁性: 是否存在冗余词、重复结构、无信息量形容词
• 吸引力: 是否包含2-4个高价值检索关键词

输出格式:

1. Fact Sheet（从论文中抽取的事实要点）
2. Title Scorecard（当前标题三维度评分 + 诊断）
3. Actionable Edits（可执行修改建议清单）
4. 3 Candidate Titles（含策略标签/关键词/风险提示）
5. Recommended Title（首选标题 + 理由 + 期刊适配说明）

2. 摘要校对 (Abstract QA)

摘要应是独立、完整的浓缩文字，包含背景、方法、结果、结论四要素。

检查维度:

• 结构完整性: Background/Methods/Results/Conclusion 四要素齐全
• 数据支持: 关键结果有具体数值/指标/对比
• 一致性: 摘要与正文的研究目的、方法、结果、结论一致
• 独立性: 不看正文能否读懂（术语定义、背景、基线等）

输出格式:

1. 句级标注表（每句标注 B/M/R/C）
2. 数据支持清单（提取数值/指标，标出空泛表述）
3. 一致性核对（摘要 vs 正文逐条对比）
4. 独立性检查（未定义术语/缺少背景等）
5. 可执行改写建议 + 改进后摘要示例

3. 引言校对 (Introduction Structure Audit)

引言应呈现清晰的"漏斗型"逻辑结构：从宏观背景逐步聚焦到具体研究问题。

检查维度:

• 漏斗结构: 宏观背景 → 子领域 → 具体问题 → 本文问题
• 研究空白: 明确指出前人不足/未解决问题
• 研究问题/假设: 明确 RQ 或可检验假设
• 路线图: 说明论文结构安排

输出格式:

1. 句子编号与切分（S1, S2, S3...）
2. 四项检查结果（每项包含：结论/证据句/问题诊断/修复建议）
3. 问题清单 Top 5（按严重程度排序）
4. 最低改动修复方案
5. 结构重写方案（建议段落顺序）

4. 方法校对 (Methods Auditing)

方法部分的核心标准是"可复现性"。

检查维度:

• 可复现性: 数据来源、样本量、预处理、模型结构、训练细节、评价指标等
• 理由阐述: 每个关键选择是否说明"为什么选它"
• 伦理声明: 人类受试/动物实验的伦理批准信息
• 时态一致性: 英文用过去时，中文叙述统一

输出格式:

1. 结论概览（最严重的3个问题 + 后果）
2. 问题清单表（类别/严重程度/位置/问题描述/修改建议/推荐改写）
3. 四项专项检查（可复现性/理由阐述/伦理声明/时态一致性）

5. 结果校对 (Results QA)

结果部分应客观呈现事实，避免解释或意义推断。

检查维度:

• 纯粹性: 不包含解释/因果/意义推断/价值判断
• 图表引用覆盖: 所有图表在正文被完整引用
• 数据描述质量: 提炼趋势而非逐数复述

输出格式:

1. 纯粹性问题清单（标签/原句/问题类型/建议处理）
2. 图表引用核对（被引用清单 + 遗漏项 + 格式问题）
3. 数据描述改进（原句/问题/建议改写）

6. 讨论校对 (Discussion Depth Review)

讨论部分需深入阐释结果的含义：解释原因、与前人对比、承认局限性、阐明价值。

检查维度:

• 解释与对比深度: 每条结果是否解释原因、与前人对比
• 局限性: 是否充分讨论方法学、数据、测量、外推性等局限
• 价值与贡献: 理论价值和实践价值是否清晰

输出格式:

1. 主要结果提取（3-8条，含原文定位）
2. 解释与对比深度审查表（每条结果的机制解释/对比关系/引用证据）
3. 局限性审查（段落定位 + 应补的局限性清单 + 句式模板）
4. 价值与贡献审查（理论价值/实践价值证据定位 + 具体化改写）
5. 量化评分（解释深度/对比质量/局限性/价值清晰度，满分10）
6. 最小修改清单 Top 5

7. 结论校对 (Conclusion Review)

结论应直接回应引言提出的研究问题，用自己的话概括主要发现。

检查维度:

• 回应问题: 是否回答引言中的 RQ1/RQ2/...
• 总结方式: 是否避免照抄摘要
• 新信息检查: 是否引入前文未出现的新信息
• 未来展望: 是否基于局限性提出具体可执行的未来方向

输出格式:

1. 总体结论（A/B/C 评级 + 3条最关键问题）
2. 逐项检查（回应问题/总结方式/新信息/未来展望）
3. 优化后的结论收尾段示例（100-180字）

输出规范

问题定位格式

所有问题必须包含以下字段：

**位置**: 章节-段落编号 或 段落首句
**问题类型**: 逻辑/术语/时态/人称/可复现性/...
**问题描述**: 一句话说明问题
**证据**: 引用原句（可截取关键片段）
**修改建议**: 具体怎么改
**示例改写**: 给出1个更优表达（可选但优先提供）

严重程度分级

• Critical: 影响论文可接受性（伦理缺失、不可复现、逻辑断裂）
• Major: 影响论文质量（术语混乱、时态错误、缺少关键信息）
• Minor: 影响阅读体验（表述不清、格式不统一）

表格输出格式

使用 Markdown 表格呈现结构化信息：

| # | 位置 | 问题类型 | 严重程度 | 问题描述 | 修改建议 |
|---|------|----------|----------|----------|----------|
| 1 | 引言-S3 | 逻辑跳跃 | Major | 从宏观背景直接跳到方法 | 补充子领域现状与具体问题 |

约束与原则

硬约束

1. 不编造事实: 所有判断必须基于用户提供的论文内容
2. 证据可追溯: 每条问题都引用原文句子
3. 建议可执行: 修改建议具体到"补充哪些字段/参数/步骤"
4. 不改变研究事实: 只优化表达与补齐信息，不改动研究结论

默认假设

当用户未提供以下信息时，使用默认假设：

• 论文语言: 根据输入自动判断（中文/英文）
• 目标期刊: 按英文科技写作常见规范，以"一致性优先"
• 研究类型: 从文本中推断；无法判断则标记 "Needs Verification"
• 写作偏好: 默认允许第一人称 "we"，偏主动语态

信息不足处理

当信息不足以做出判断时：

1. 明确标注 "Needs Verification"
2. 列出需要用户补充的最小信息清单
3. 基于默认假设继续完成检查（并在开头说明假设）

最佳实践

检查顺序建议

1. 初稿阶段: 全局检查 → 引言 → 方法 → 结果
2. 精修阶段: 摘要 → 讨论 → 结论 → 标题
3. 投稿前: 全局检查（确保一致性）

与 AI 协作技巧

1. 提供充分上下文（Context is King）

明确的上下文能显著提升检查质量。包含以下信息：

• 目标期刊/会议名称
• 研究类型（实验/理论/综述）
• 特殊要求（字数限制、格式规范）

# ✅ 好的做法
codex e -m gemini-2.0-flash-exp \
  "使用 paper-check skill 检查我的方法部分。
   目标期刊: Nature Communications
   研究类型: 人类受试实验
   已获伦理批准: IRB-2024-001
   字数限制: 方法部分不超过1500字" \
  --attach paper.pdf

# ❌ 不够好的做法
codex e -m gemini-2.0-flash-exp "检查方法" --attach paper.pdf

2. 分批处理长论文（Chunking Strategy）

长论文（>10页）建议按章节分批检查，避免上下文窗口溢出：

# 按章节逐个精修
codex e -m gemini-2.0-flash-exp \
  "使用 paper-check skill 检查引言部分（第1-3页）" \
  --attach paper.pdf

# 或使用 rg 定位特定章节后再检查
codex e -m gemini-2.0-flash-exp \
  "检查 Methods 章节，重点关注可复现性" \
  --attach paper.pdf

3. 迭代修改工作流（Iterative Refinement）

采用"发现问题 → 修改 → 验证"的闭环流程：

# 第一轮：全局诊断
codex e -m gemini-2.0-flash-exp \
  "使用 paper-check skill 进行全局检查，输出 Top 5 问题清单" \
  --attach paper_v1.pdf

# 修改后第二轮：针对性验证
codex e -m gemini-2.0-flash-exp \
  "重点检查术语一致性和时态问题，对比 v1 版本" \
  --attach paper_v2.pdf

# 投稿前最终检查
codex e -m gemini-2.0-flash-exp \
  "最终全局检查，确认所有 Critical 问题已解决" \
  --attach paper_final.pdf

4. 利用 Web Search 查询期刊规范

对于不熟悉的期刊，可启用网络搜索获取最新投稿指南：

codex e -m gemini-2.0-flash-exp \
  --enable web_search_request \
  "查询 IEEE Transactions on Pattern Analysis 的摘要字数要求，
   然后检查我的摘要是否符合规范" \
  --attach paper.pdf

5. 使用 Plan-First 模式处理复杂修改

对于需要大量修改的论文，先让 AI 生成修改计划：

# 第一步：生成修改计划
codex e -m gemini-2.0-flash-exp \
  "使用 paper-check skill 检查全文，生成分步修改计划（5-7步）" \
  --attach paper.pdf

# 第二步：逐步执行修改
codex e -m gemini-2.0-flash-exp \
  "执行修改计划的第1步：修复引言部分的逻辑跳跃问题" \
  --attach paper.pdf

6. 保存检查结果以便追踪

将检查报告保存为 Markdown 文件，便于版本对比：

codex e -m gemini-2.0-flash-exp \
  "使用 paper-check skill 全局检查，将报告保存为 review_report_v1.md" \
  --attach paper.pdf

7. 团队协作：统一检查标准

在项目 CODEX.md 中定义团队共识的检查标准：

## 论文检查标准
- 摘要必须包含具体数值（不接受"显著提升"等空泛表述）
- 方法部分必须包含超参数表格
- 讨论部分必须至少包含3条局限性
- 所有图表必须在正文中被引用

8. 避免常见陷阱

• ❌ 不要一次性检查所有维度（容易遗漏细节）
• ❌ 不要忽略 AI 标注的 "Needs Verification"（这些通常是关键缺失信息）
• ❌ 不要盲目接受所有建议（AI 可能对领域特定术语产生误判）
• ✅ 优先修复 Critical 级别问题
• ✅ 对 AI 建议的改写进行人工审核
• ✅ 保留原始版本以便回滚

常见问题

Q: 检查结果太多，如何优先处理？

A: 按以下优先级：

1. Critical 问题（伦理、可复现性、逻辑断裂）
2. 结构性问题（引言漏斗、摘要四要素、讨论深度）
3. 一致性问题（术语、时态、人称）
4. 表述优化（标题、数据描述）

Q: 如何处理"Paper did not specify"的情况？

A: 检查工具会标注"Needs Verification"，并建议：

• 补充信息的最小集合
• 常见的默认值（如 Dropout=0.1）
• 参考同领域论文的做法

Q: 中英文论文检查有何不同？

A: 主要差异：

• 时态检查: 英文严格区分过去/现在时；中文检查时间指向一致性
• 人称检查: 英文检查 we/our；中文检查"作者/本文/本研究"混用
• 术语检查: 中文额外检查中英文术语对应关系

Q: 如何验证修改效果？

A: 建议流程：

1. 根据检查报告修改论文
2. 使用相同模块再次检查
3. 对比两次检查结果，确认问题已解决
4. 最后做一轮全局检查，确保修改未引入新问题

技术细节

支持的输入格式

• PDF（推荐，支持图表识别）
• Word/DOCX
• Markdown
• 纯文本

推荐模型

• Gemini 2.0 Flash Exp: 速度快，适合初稿检查
• Gemini 2.0 Pro: 深度分析，适合精修阶段
• GPT-4 Turbo: 备选方案（需配置 Codex）

性能优化

• 长论文（>10页）建议分批检查
• 使用 --enable web_search_request 可查询期刊投稿规范
• 使用 --dangerously-bypass-approvals-and-sandbox 加速执行（仅限本地）

参考资源

• 学术写作规范
• SCI 论文写作指南
• 论文复现 Skill
• 技术文档 Skill

许可证

MIT License - 自由使用、修改和分发

贡献

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