重新生成 Obsidian 里的目录页 / 导航页（MOC）。 当用户说“更新索引”“更新论文和概念目录”“刷新论文和概念目录”“刷新MOC”时使用。
这个 skill 用于手动补刷 Obsidian 里的目录页 / 导航页（MOC）。
先读取 ../_shared/user-config.json，如果 ../_shared/user-config.local.json 存在，再用它覆盖默认值。
显式生成并在后续统一使用这些变量：
VAULT_PATHNOTES_PATHCONCEPTS_PATHAUTO_REFRESH_INDEXESGIT_COMMIT_ENABLEDGIT_PUSH_ENABLED其中：
NOTES_PATH = {VAULT_PATH}/{paper_notes_folder}CONCEPTS_PATH = {NOTES_PATH}/{concepts_folder}GIT_PUSH_ENABLED 只有在 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时才可能为真后续步骤统一使用上面的变量。
python3 ../_shared/generate_concept_mocs.py
python3 ../_shared/generate_paper_mocs.py
默认配置下：
AUTO_REFRESH_INDEXES=trueGIT_COMMIT_ENABLED=falseGIT_PUSH_ENABLED=false只有在 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时才做 git 操作，并且必须先检查：
VAULT_PATH/.git 是否存在git add 之后是否真的有 staged changes只有在上面两项都满足时才 commit。
只有在 GIT_PUSH_ENABLED=true 且仓库已配置远端时才 push。
VAULT_PATH/scripts/*AUTO_REFRESH_INDEXES 开关影响