New Subcmd

• add_subcmd(subparsers) の末尾に必ず parser.set_defaults(func=run) を置く
• run(args) が実装本体
• ロガーは from ..logger import generate_logger / LOGGER = generate_logger(__name__)
• argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter を使う
• src/utils/ のパーサーを使う場合は from ..utils.atom_selection_parser import AtomSelector のように参照する

ステップ3: cli.py への登録

src/cli.py に2箇所追加:

1. importブロック (対応するカテゴリのブロックに追加):

   from .build import <name>       # build の場合
   from .trajectory import <name>  # trajectory の場合
   from .analysis import <name>    # analysis の場合
   from .cv import <name>          # cv の場合
   from .utils import <name>       # utils の場合
   

2. add_subcmdの呼び出し (同カテゴリのブロックに追加):

   <name>.add_subcmd(subparsers)
   

ステップ4: テストファイルの作成

tests/test_<category>/test_<name>.py にユニットテストを追加する:

• 外部ツール不要な純粋計算関数は直接テスト
• ファイルI/Oは tmp_path fixture を使用
• 軌跡が必要な場合は conftest.py の trajectory_files fixture を使用
• PyMOL/subprocess 依存は unittest.mock.patch でモック

ステップ5: Lintチェック・テスト実行

pixi run r     # ruff format + lint
pixi run test  # 全テスト

エラーがあれば修正する。