R Medical Research

R语言医学研究技能

概述

本技能提供R语言医学科学研究的完整工作流程指导，包括研究主题识别、依赖包自动安装、数据处理、统计分析、发表级图表制作及图注表注生成。

触发条件

当用户提出以下需求时，应调用此技能：

• 进行医学/临床数据分析
• 制作论文所需的统计表格（三线表）
• 进行流行病学数据分析
• 进行生存分析
• 进行meta分析
• 进行倾向性评分匹配等因果推断分析
• 询问如何用R进行医学统计
• 需要自动安装相关R包完成特定医学分析任务

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第一部分：研究主题识别与包安装

1.1 自动识别研究类型

根据用户描述或数据特征，识别研究类型并安装相应包：

# 基础包安装（通用）
install.packages(c("tidyverse", "readxl", "openxlsx", "data.table"))

# 描述性统计与数据清洗
install.packages(c("dplyr", "tidyr", "stringr", "lubridate", "Hmisc", "mice"))

# 统计分析
install.packages(c("stats", "rstatix", "car", "lmtest", "aod"))

# 高级统计分析
install.packages(c("survival", "survminer", "glm", "lme4", "nlme", "meta", "metafor"))

# 临床研究专用
install.packages(c("tableone", "autoReg", "moonBook", "rrtable", "MatchIt", "WeightIt", "cobalt"))

# 机器学习与建模
install.packages(c("caret", "randomForest", "e1071", "glmnet", "pROC", "rms"))

# 表格制作与导出
install.packages(c("gt", "gtsummary", "flextable", "officer", "ftExtra"))

# 可视化与出版
install.packages(c("ggplot2", "ggpubr", "ggsci", "patchwork", "cowplot", "survminer"))