Biomed Dispatch

科学写作任务的特殊处理

文献综述 / 论文写作必须拆分：

# Phase 1: 文献搜索 + 大纲（5-10 分钟）
cd writing_outputs/<task_name> && claude -p "读 ~/next-medgeai/MedgeClaw/scientific-skills/scientific-skills/literature-review/SKILL.md 和 scientific-writing/SKILL.md。按 literature-review 流程搜索文献，创建 outline.md（Stage 1）。" \
  --output-format stream-json --verbose --dangerously-skip-permissions 2>/dev/null | tail -1

# Phase 2: 写正文（分章节，每章 5-10 分钟）
cd writing_outputs/<task_name> && claude -p "读 outline.md 的第 1-3 节。用 Edit 工具在 manuscript.tex 中补充这些章节的正文。写完整的学术散文。" \
  --output-format stream-json --verbose --dangerously-skip-permissions 2>/dev/null | tail -1

# Phase 3: 创建 BibTeX + 添加引用（5 分钟）
cd writing_outputs/<task_name> && claude -p "读 manuscript.tex 和 outline.md。创建 references/references.bib（至少 30 篇），在 tex 中添加 \cite{}（每节至少 5 处），在 \end{document} 前加 \bibliographystyle{unsrt} 和 \bibliography{references}。" \
  --output-format stream-json --verbose --dangerously-skip-permissions 2>/dev/null | tail -1

# Phase 4: 生成图表（5-10 分钟）
cd writing_outputs/<task_name> && claude -p "在 figures/ 下创建 5 个 Python 脚本生成图表 PDF。中文标签用 Noto Sans CJK SC 字体。" \
  --output-format stream-json --verbose --dangerously-skip-permissions 2>/dev/null | tail -1

# Phase 5: 编译 PDF（手动或简单 CC）
cd writing_outputs/<task_name>/drafts && xelatex -output-directory=../final manuscript.tex
cd ../final && bibtex manuscript && cd ../drafts && xelatex -output-directory=../final manuscript.tex && xelatex -output-directory=../final manuscript.tex

为什么必须拆分：

• 单次让 CC 做完所有步骤（搜文献 + 写大纲 + 写正文 + 做图 + 编译）会导致：
  • 上下文窗口满（74 篇摘要 + task.md + skill 文件 + LaTeX 模板 = 超大上下文）
  • Opus 生成超长 LaTeX 文本（数千 token）需要 10+ 分钟，容易超时
  • 中途卡住后无法恢复，只能重来
• 拆分后每个 phase 独立，失败了只需重跑该 phase

Output handling

• Tables → summarize top rows, mention full file path
• Figures → send the image file to the user directly
• Reports → send the PDF/HTML file to the user directly
• Errors → show the error message and suggest a fix

Example dispatches

Clinical data analysis (complete flow with dashboard):

# 1. Setup
TASK_DIR=data/charls_ace
mkdir -p "$TASK_DIR/dashboard" "$TASK_DIR/output"
cp skills/dashboard/dashboard.html "$TASK_DIR/dashboard/"
cp skills/dashboard/dashboard_serve.py "$TASK_DIR/dashboard/"
# 2. Write initial state.json
# 3. Start dashboard server
python "$TASK_DIR/dashboard/dashboard_serve.py" --port 7790 &
# 4. Dispatch to Claude Code
claude --dangerously-skip-permissions -p "分析 CHARLS 队列中 ACE 与 CVD 的关联。Input: data/charls_ace/charls.dta. Output: data/charls_ace/output/. 每步更新 dashboard state.json（step panels with code + outputs）。完成后: openclaw system event --text 'Done: ACE-CVD分析完成' --mode now"

RNA-seq differential expression:

claude --dangerously-skip-permissions -p "Use DESeq2 scientific skill. Run differential expression. Counts: /workspace/data/counts.csv, metadata: /workspace/data/meta.csv, contrast: treatment vs control. Save to /workspace/data/rnaseq/output/. Update dashboard at /workspace/data/rnaseq/dashboard/state.json."

Single-cell RNA-seq:

claude --dangerously-skip-permissions -p "Use Scanpy scientific skill. Analyze 10X data at /workspace/data/10x/. QC, clustering, markers. Save to /workspace/data/10x/output/. Update dashboard state.json with step panels."

输出路径约束（重要）

所有任务输出必须写入指定目录：

禁止写入：

• ❌ 项目根目录（~/next-medgeai/MedgeClaw/）
• ❌ /workspace/outputs/（已废弃）
• ❌ /workspace/data/（只读，用户输入数据）

Important rules

• Never modify raw data files in /workspace/data/
• If the user's request is ambiguous, ask one clarifying question before dispatching
• If Claude Code returns an error about a missing package, retry with uv pip install [package] prepended to the command
• 涉及中文可视化时，在 prompt 中加入：绘图前先导入 skills/cjk-viz/scripts/setup_cjk_font.py 执行字体检测，不要硬编码字体名