Systematic Literature Review

工作流（7 步 + 字数预算）

0. 准备与守则：记录最高原则与目标范围（字数/参考数），确认主题与档位。

1. 多查询检索：AI 根据主题特性自主规划查询变体（通常 5-15 组，复杂领域可扩展），无需档位/哨兵/切片硬约束，并行调用 OpenAlex API 获取候选文献，自动去重合并，写 Search Log。恢复/跳转阶段时，若 papers 路径缺失或不是 .jsonl 文件，自动清理并重新检索。详细查询生成标准见 references/ai_query_generation_prompt.md。

2. 去重：dedupe_papers.py，输出去重结果与映射。

3. AI 自主评分 + 数据抽取（一次完成）：

   • AI 直接使用当前环境进行语义理解评分
   • 使用 references/ai_scoring_prompt.md 中的完整 Prompt
   • AI 逐篇阅读 papers_deduped.jsonl 中的标题和摘要
   • 按以下标准打 1–10 分（保留1位小数）：
     • 9-10分：完美匹配 - 相同任务 + 相同方法 + 相同模态
     • 7-8分：高度相关 - 相同任务，方法/模态略有差异
     • 5-6分：中等相关 - 同领域但任务/方法/模态有显著差异
     • 3-4分：弱相关 - 仅部分概念或技术重叠
     • 1-2分：几乎无关 - 仅背景层面有宽泛关联
   • 评分维度：任务匹配度、方法匹配度、数据模态、应用价值
   • 子主题标签规则：仅对 ≥5分 的论文分配子主题标签（整体形成 5–7 个子主题簇，如"CNN分类"、"多模态融合"、"弱监督学习"）；3–4分 的弱相关论文不分配子主题（subtopic 置空即可），避免低分文献污染后续子主题规划
   • 同步提取数据抽取表字段：从摘要中提取 design（研究设计）、key_findings（关键发现）、limitations（局限性），用于生成完整的数据抽取表
   • 输出 scored_papers.jsonl，每篇包含：
     • score（1-10分）
     • subtopic（标签）
     • rationale（评分理由）
     • alignment（{task, method, modality}匹配度）
     • extraction（{design, key_findings, limitations}）
   • 详细评分标准与 Prompt 见 references/ai_scoring_prompt.md
   • 评分质量验证：
     • 健康分布：高分20-40%、中分40-60%、低分10-30%
     • AI 评分支持中英文主题，自动语义理解

4. 选文：select_references.py 按目标参考范围和高分优先比例（默认 60–80%）选出集合，生成 selected_papers.jsonl、references.bib、selection_rationale.yaml；生成 Bib 时大小写无关去重 key，转义未处理的 &，缺失 author/year/journal/doi 用默认值标注后输出警告。若选中文献仍存在摘要缺失/过短，会被标记 do_not_cite 并在校验报告中给出“摘要覆盖率”提示（建议写作时不引用或替换）。

5. 子主题与配额规划（AI 自主）：基于评分结果自动给出 5–7 个子主题，并分配段落配额：引言约 1.5k，讨论/展望各 ~1k，结论 ~0.6k，剩余均分给子主题段（每段 ~1.8–2.2k，随目标总字数自动缩放），写入工作条件与数据抽取表，作为扩写锚点。

6. 综/述字数预算：plan_word_budget.py 基于选文与大纲生成 3 份字数预算 CSV（列：文献ID、大纲、综字数、述字数，允许无引用大纲行文献ID为空），对齐均值形成 word_budget_final.csv，输出无引用汇总 non_cited_budget.csv，并校验总字数与目标差值 ≤5%。

7. 写作：资深领域专家风格自由写作，固定章节：摘要、引言、子主题段落（数量自定但遵循配额）、讨论、展望、结论。写作前读取 word_budget_final.csv，引用段按文献综/述预算写，无引用段按空 ID 行预算写；引用使用 \cite{key}，正文源为 {topic}_review.tex。

   内容分离约束（防止 AI 流程泄露）：

   • 综述正文 {topic}_review.tex 必须仅聚焦领域知识，禁止出现任何"AI工作流程"描述
   • 禁止在正文出现的内容：
     • ❌ "本综述基于 X 条初检文献、去重后 Y 条、最终保留 Z 篇"
     • ❌ "方法学上，本综述按照'检索→去重→评分→选文→写作'的管线执行"
     • ❌ 任何提及"检索"、"去重"、"相关性评分"、"选文"、"字数预算"等元操作的描述
   • 上述信息应放在：{主题}_工作条件.md 的相应章节（Search Log、Relevance Scoring & Selection 等）
   • 目标：让读者感受不到这是 AI 生成的综述，完全符合传统学术综述惯例
   • 验证：写作完成后运行 scripts/validate_no_process_leakage.py 检查是否有流程泄露

   引用分布约束（重要 - 强制执行）：

   • 单篇引用优先原则：约 70% 的引用应为单篇 \cite{key} 格式
   • 单篇引用场景（优先使用）：
     • 引用具体方法、结果、数字时："Zhang 等人使用 ResNet-50 达到 95% 准确率\cite{Zhang2020}。"
     • 逐篇对比研究时："ResNet 表现优异\cite{He2016}。DenseNet 进一步提升性能\cite{Huang2017}。"
     • 引用核心观点或理论时："注意力机制能够帮助模型聚焦于关键区域\cite{Wang2021}。"
   • 小组引用场景（限制使用，约 25%）：
     • 对比并列研究时，且需明确说明各文献的差异化贡献："方法 A 在 X 方面优于方法 B\cite{Paper1,Paper2}，其中 Paper1 采用...，Paper2 采用..."
     • 引用互补证据时，且分别说明各文献的独立贡献
   • 禁止模式：
     • ❌ "陈述观点 + 堆砌 2-3 篇文献"："多项研究表明\cite{Paper1,Paper2,Paper3}。"
     • ❌ 单次引用 >4 个 key（<5% 情况，仅限综述性陈述）
   • 验证要求：写作完成后运行 scripts/validate_citation_distribution.py --verbose，如单篇引用 <65% 必须修正
   • 详见 references/expert-review-writing.md 的"引用分布约束"章节

8. 有机扩写 + 校验与导出：若 validate_counts.py 判定字数不足，则仅在最短/缺证据的子主题段内按配额进行"增量扩写"（保持原主张与引用不变，只补证据/局限/衔接），补后再跑校验；validate_review_tex.py 对章节/引用大小写不敏感且提供可解释提示；如有 word_budget_final.csv 可选跑 validate_word_budget.py；通过后 compile_latex_with_bibtex.py 自动回退/同步模板与 .bst 后生成 PDF，convert_latex_to_word.py 生成 Word。

9. 多语言翻译与编译（可选）：如果用户指定了目标语言（如"日语综述"、"德语综述"）：

   • 使用 multi_language.py 处理全流程（语言检测、翻译、编译）
   • AI 翻译：翻译正文内容，保留所有 \cite{key} 引用和 LaTeX 结构
   • 备份原文：自动备份为 {topic}_review.tex.bak
   • 覆盖原 tex：翻译后覆盖原 {topic}_review.tex
   • 智能修复编译：循环编译直到成功或触发终止条件（循环检测、超时、不可修复错误）
   • 失败兜底：输出错误报告 + broken 文件；建议在编译时加 --auto-restore 自动回滚到编译前备份，或手动用 --restore 恢复备份
   • 支持语言：en（英语）、zh（中文）、ja（日语）、de（德语）、fr（法语）、es（西班牙语）
   • 详见：references/multilingual-guide.md

输出（保持 6 件套）

校验硬门槛（仅保留必要项）

• 正文字数：档位默认范围见 config.yaml.validation.words.{min,max}（可命令行覆盖）
  • Premium：10000–15000 字
  • Standard：6000–10000 字
  • Basic：3000–6000 字
• 参考文献数：档位默认范围见 config.yaml.validation.references.{min,max}
  • Premium：80–150 篇
  • Standard：50–90 篇
  • Basic：30–60 篇
• 必需章节存在：摘要、引言、至少 1 个子主题段落、讨论、展望、结论
• \cite 与 BibTeX key 必须一致；缺失即报错

健壮性与日志

• 模板与 .bst：使用 TEXINPUTS/BSTINPUTS 环境变量引用 latex-template/ 目录，不再复制模板文件到工作目录（v3.5 优化）；可用 config.yaml.latex.template_path_override 或 CLI --template 覆盖。若 .bst 文件缺失，编译将直接报错（v3.6 优化）。
• DOI 链接显示：若 BibTeX 同时包含 doi 与 url（例如 url 为 OpenAlex），PDF 参考文献默认优先显示 https://doi.org/{doi}；BibTeX 仍保留原始 url 便于追溯。
• 中间文件清理：默认自动清理 .aux、.bbl、.blg、.log、.out、.toc 等 LaTeX 中间文件（v3.6 优化）；如需保留用于调试，可使用 --keep-aux 参数。
• Bib 清洗：生成 Bib 时自动转义 &/%/_/#/$ 等常见 LaTeX 特殊字符，大小写无关去重 key，并为缺失 author/year/journal/doi 填充默认值且输出警告。
• 恢复路径校验：resume 状态下发现无效 papers 路径会清理并重新检索，避免把目录当文件。
• 导出日志：Pipeline 会输出 tex/bib/template/bst、pdf/word 路径，便于排查。
• 字数预算：plan_word_budget.py 自动生成 3 份 run CSV、均值版 word_budget_final.csv，并输出无引用汇总；validate_word_budget.py 可选检查列/覆盖率/总字数误差。
• 验证报告（v3.3 新增）：阶段6 自动生成 {主题}_验证报告.md，汇总字数/引用/章节/引用一致性验证结果，便于事后审查和追溯。
• 多源摘要补充：默认启用（由 config.yaml:search.abstract_enrichment.enabled 控制），默认执行时机为 config.yaml:search.abstract_enrichment.stage=post_selection（只对 selected_papers 补齐，生成 selected_papers_enriched_{主题}.jsonl），避免检索阶段对候选库做全局补齐导致慢与 cache/api 膨胀；如需切回检索阶段补齐：将 stage 设为 search 或对 openalex_search.py 显式 --enrich-abstracts。详见 scripts/multi_source_abstract.py。
• 证据卡（evidence cards）：阶段5 可生成 evidence_cards_{主题}.jsonl（字段压缩 + 摘要截断），用于写作时“先压缩再写作”，降低上下文占用（配置：config.yaml:writing.evidence_cards.*）。
• API 缓存：默认开启（配置：config.yaml:cache.api.enabled=true），默认 mode=minimal（不缓存 OpenAlex 原始分页响应，避免 cache/api 文件爆炸）；需要更强可复现性时可设为 mode=full。

工作条件骨架（要点）

• Meta：主题、档位、目标字数/参考范围、最高原则承诺
• Search Plan & Search Log：查询、来源、时间范围、结果量
• Dedup：去重策略与映射文件
• Relevance Scoring & Selection：评分方法、高分优先比例、选文结果与理由
• Review Structure：子主题列表与写作提纲
• Validation：字数/参考数/必需章节检查结果

有机扩写约束（用于阶段 6 不足时）

• 不新增子主题，不改写/删除原主张与引用；只补充同段内的证据、局限或衔接句。
• 扩写提示需包含：该段原文、段落配额、当前差额（字数/引用），要求保持语气一致。
• 扩写后立即运行 validate_counts.py 与 validate_review_tex.py；不足则只对最短段循环 1–2 次，避免全局灌水。
• 最终整体性润色仅做衔接/顺序/句式调整，不得篡改文献元数据及其事实、数字、样本量或结果方向。

可选：成本追踪（Token 使用与费用统计）

说明：这是一个完全可选的功能，用于追踪文献综述项目中的 Token 使用和费用。它不会影响文献综述的核心流程。

初始化

python3 systematic-literature-review/scripts/pipeline_cost.py init

获取模型价格（AI 自动完成）

只需运行：

python3 systematic-literature-review/scripts/pipeline_cost.py fetch-prices

AI 将自动（在技能环境中）：

1. 读取 config.yaml 中配置的模型商（OpenAI、Anthropic、智谱清言）
2. 使用 WebSearch 工具查询官方定价
3. 解析价格信息并生成 YAML
4. 保存到 scripts/pipeline_cost.yaml
5. 自动复制到当前项目

记录使用

在关键步骤后记录 Token 使用：

python3 systematic-literature-review/scripts/pipeline_cost.py log \
  --tool <工具名称> \
  --model <模型名称> \
  --in <输入tokens> \
  --out <输出tokens> \
  --step "<步骤描述>"

示例：

python3 systematic-literature-review/scripts/pipeline_cost.py log \
  --tool "Task" \
  --model "claude-opus-4-5" \
  --in 12345 \
  --out 6789 \
  --step "文献检索"

查看统计

# 整个项目统计
python3 systematic-literature-review/scripts/pipeline_cost.py summary

# 当前会话统计
python3 systematic-literature-review/scripts/pipeline_cost.py summary --type session

# 只看 token，不看费用
python3 systematic-literature-review/scripts/pipeline_cost.py summary --no-cost

数据存储

所有成本追踪数据存储在项目目录的 .systematic-literature-review/cost/ 下：

• token_usage.csv：Token 使用记录
• price_config.yaml：模型价格配置（从技能级复制）

配置

在 config.yaml 中配置成本追踪：

cost_tracking:
  enabled: true                    # 启用/禁用
  model_providers:                 # 关注的模型商
    - OpenAI
    - Anthropic
    - 智谱清言
  price_cache_max_days: 30         # 价格有效期（天）
  currency_rates:
    USD_TO_CNY: 7.2                # 汇率

自动化执行（pipeline_runner）

• 阶段：0_setup → 1_search → 2_dedupe → 3_score → 4_select → 4.5_word_budget → 5_write → 6_validate → 7_export
• 推荐（幂等 work_dir，避免出现 {topic}/{topic} 异常嵌套目录）：python scripts/run_pipeline.py --topic "{主题}" --runs-root runs
• 运行示例：python scripts/pipeline_runner.py --topic "{主题}" --domain general --work-dir runs/{safe_topic}
• resume：python scripts/pipeline_runner.py --resume runs/{safe_topic}

⚠️ 重要说明：阶段3 AI 评分需要 Skill 交互模式

• Pipeline 的阶段3不支持自动评分，需要通过 Skill 交互模式完成
• AI（你）直接使用 references/ai_scoring_prompt.md 中的 Prompt 评分
• 读取 papers_deduped.jsonl，逐篇评分并输出 scored_papers.jsonl
• AI 评分优势：语义理解、多语言支持、数据抽取同步完成
• 评分完成后，使用 --resume-from 4 继续后续阶段

文件操作规范（工作目录隔离）

强制规则

1. 所有中间文件必须存放在 {work_dir}/.systematic-literature-review/ 目录内
2. 最终交付物存放在工作目录根部（以 {topic}_ 为前缀）
3. AI 临时脚本必须存放在 {work_dir}/.systematic-literature-review/scripts/

获取工作目录

import os
from pathlib import Path

work_dir = Path(os.environ["SYSTEMATIC_LITERATURE_REVIEW_SCOPE_ROOT"])
scripts_dir_env = os.environ.get("SYSTEMATIC_LITERATURE_REVIEW_SCRIPTS_DIR")
scripts_dir = Path(scripts_dir_env) if scripts_dir_env else (work_dir / ".systematic-literature-review" / "scripts")
artifacts_dir = work_dir / ".systematic-literature-review" / "artifacts"

创建新文件时

# ✅ 正确：使用相对路径拼接
output_path = artifacts_dir / "results.json"
temp_script = scripts_dir / "temp_analysis.py"

# ❌ 错误：直接使用相对路径（可能污染其他目录）
output_path = Path("results.json")

# ❌ 错误：使用绝对路径（破坏隔离）
output_path = Path("/tmp/results.json")

禁止行为

• ❌ 不要在工作目录根部创建临时脚本或中间文件
• ❌ 不要使用绝对路径（如 /tmp/temp.txt）写入临时文件
• ❌ 不要读取/写入其他 run 目录的文件
• ✅ 使用环境变量 SYSTEMATIC_LITERATURE_REVIEW_SCOPE_ROOT 获取工作目录
• ✅ 使用环境变量 SYSTEMATIC_LITERATURE_REVIEW_SCRIPTS_DIR 获取临时脚本目录

环境与工具

• Python 3.9+，依赖安装：pip install -r requirements.txt
• LaTeX（含 xelatex/bibtex）、pandoc
• 至少一个搜索类 MCP 工具或 OpenAlex API 可用
• 关键脚本：
  • 检索：multi_query_search.py、openalex_search.py
  • 去重：dedupe_papers.py
  • 选文：select_references.py、build_reference_bib_from_papers.py
  • 数据抽取：update_working_conditions_data_extraction.py
  • 字数预算：plan_word_budget.py、validate_word_budget.py
  • 校验：validate_counts.py、validate_review_tex.py
  • 验证报告：generate_validation_report.py（v3.3 新增）
  • 导出：compile_latex_with_bibtex.py、convert_latex_to_word.py

写作前提示模板（含字数预算）

• 摘要格式约束（写作前必须遵守）： "摘要必须是单一段落，字数 200–250 字，按'背景→核心发现/趋势→挑战→展望'的结构写作。 禁止出现'本综述基于 X 条文献'、'最终保留 Z 篇'等 AI 流程泄露描述。 详见 references/expert-review-writing.md 的'摘要格式说明'章节。"

• 表格样式约束（写作前必须遵守）： "使用 longtable 或 tabular 环境时，列宽必须基于 \\textwidth 按比例分配（所有比例之和 ≤ 1.0）。 禁止使用固定 p{} 列宽（如 p{8.9cm}），避免在不同边距/版芯下溢出。 示例：

  \\begin{longtable}{p{0.14\\textwidth} p{0.48\\textwidth} p{0.22\\textwidth} p{0.16\\textwidth}}
  ...
  \\end{longtable}
  

  详见 references/review-tex-section-templates.md 的'表格样式最佳实践'章节。"

• AI 评分与子主题分组（阶段3）： 使用 references/ai_scoring_prompt.md 中的标准评分流程，逐篇阅读文献并打 1-10 分，同时分配子主题标签。完成后运行质量自检，确保分数分布合理（高分20-40%、中分40-60%、低分10-30%）。

• 子主题与配额规划（阶段5）： "基于评分结果，自动给出 3-7 个子主题（硬性约束），并分配段落配额：引言 ~1.5k，讨论/展望各 ~1k，结论 ~0.6k，剩余均分给子主题段（每段 ~1.8–2.2k，随目标总字数自动缩放）。

  子主题合并原则（避免过度细分）：

  • 相似方法合并：如 CNN/Transformer/集成学习 → '深度学习模型架构'
  • 相关任务合并：如分割/检测/分类 → '核心诊断任务'
  • 学习策略合并：如迁移学习/弱监督/数据增强 → '高级学习策略'
  • 禁止创建 10+ 个子主题 section
  • 每个子主题至少应有 5 篇支撑文献

  返回子主题列表、每段目标字数，并写入工作条件与数据抽取表。"

• 有机扩写（校验不足时，针对最短/缺证据的子主题段）： "在『{子主题名}』段内有机扩写，保持原主张和引用不变，只补充 2–3 条具体证据/数字/反例与衔接句；本段目标约 {目标字数} 字，当前不足 {差额} 字。原文如下：{原段落全文}"

• 字数预算（写作前，引用/无引用兼容）： "读取 word_budget_final.csv，列包含：文献ID、大纲、综字数、述字数。引用段按对应文献的综/述字数预算写作；无引用段（文献ID 为空行，如摘要/展望/结论）按该行预算控制长度，可合并叙述但需尊重总字数配额。"

• 缩略词规范（写作前必须遵守）： "首次出现专有名词时，使用'中文（英文全称，英文缩写）'格式，后续可直接使用英文缩写。 示例：'免疫检查点抑制剂（Immune checkpoint inhibitor，ICI）'、'卷积神经网络（Convolutional Neural Network，CNN）'。 常见缩略词如 DNA、RNA、CT、MRI、AI 等可直接使用，无需首次全称展开。 详见 references/expert-review-writing.md 的'写作要点'章节。"

• 内容分离约束（写作前必须遵守，防止 AI 流程泄露）： "综述正文必须完全聚焦领域知识，禁止出现任何'AI工作流程'描述。具体禁止：❌ 在摘要中写'本综述基于 X 条初检文献、去重后 Y 条、最终保留 Z 篇'；❌ 在引言中写'方法学上，本综述按照检索→去重→评分→选文→写作的管线执行'；❌ 任何提及'检索、去重、相关性评分、选文、字数预算'等元操作的描述。这些方法学信息应放在 {主题}_工作条件.md 中。目标是让读者感受不到这是 AI 生成的综述，完全符合传统学术综述惯例。详见 references/expert-review-writing.md 的'内容分离原则'章节。"

• 引用分布与位置约束（写作前必须遵守）： "引用必须紧跟着它所支持的观点，而非堆积在段落末尾。

  写作节奏：

  1. 提出观点 → 立即引用 \cite{key} → 继续下一个观点 → 再次引用
  2. 避免先写完整个段落，最后一次性加所有引用

  单篇引用优先（约占 70%）：

  • 引用具体方法/结果/数字时：「作者 + 方法 + 结果 + \cite{key}」
  • 逐篇对比时：「观点 A + \cite{key1}。观点 B + \cite{key2}。」
  • 禁止使用「多项研究表明\cite{key1,key2,key3}」模式（除非前面已逐个引用过）

  小组引用（约占 25%）：

  • 仅用于对比并列研究时，且必须明确说明各文献的差异化贡献

  段末堆砌（<20% 情况）：

  • 仅用于段末总结，前提是段落主体已经充分引用并阐述

  详见 references/expert-review-writing.md 的'引用位置约束'和'单篇引用优先'章节。"

• 写作负面约束（写作前必须遵守，禁止模式）： "以下写作模式被严格禁止，违反者将被视为业余水准：

  ❌ 禁止模式 1：补充阅读/参见类句子

  • 禁止：『本节补充阅读可参见：\cite{...}』
  • 禁止：『进一步阅读可参考：\cite{...}』
  • 禁止：『相关研究参见：\cite{...}』
  • 禁止：任何在段末堆砌引用且不说明具体贡献的『参见』类表述
  • 理由：这类句子对读者没有价值，纯粹是『凑字数』的业余行为

  ❌ 禁止模式 2：模糊的引用堆砌

  • 禁止：『多项研究表明\cite{key1,key2,key3}』且前面未逐个引用过
  • 禁止：单次引用 >6 个 key（除非是段末总结且段落主体已充分引用）
  • 理由：读者无法识别每个观点的具体来源

  ❌ 禁止模式 3：为达到字数而灌水

  • 禁止：添加无实质内容的过渡句、重复表述
  • 禁止：为『用完』所有文献而强行引用低分文献
  • 理由：专家级综述聚焦证据质量，而非文献数量

  ✅ 正确做法：引用未充分利用时的处理

  • 如果高分文献已充分引用：可以不引用低分文献
  • 如果段落完整但字数不足：在段落内补充具体证据/数字/反例（有机扩写）
  • 如果确实需要补充背景：拆分为独立子段落，每段 2-5 篇文献

  详见 references/expert-review-writing.md 的『写作负面约束』章节。"