系統性文獻搜尋、篩選、下載、整理。觸發：文獻回顧、找論文、搜尋文獻、systematic review、literature search、PubMed、找文章、搜paper、review、reference、citation、引用、參考文獻、背景調查、background。
適用：新研究專案 | Introduction 前調查 | 系統性回顧 | PICO 臨床問題
不適用：快速查一篇 → 直接 search_literature | 只需整理 → format_references
| 類別 | 工具 | 說明 |
|---|---|---|
| 搜尋 | search_literature | 基本 PubMed 搜尋 |
generate_search_queries | MeSH + 同義詞材料 | |
parse_pico | 解析 PICO 臨床問題 | |
merge_search_results | 合併去重 | |
| 探索 | find_related_articles / find_citing_articles / get_article_references | 引用網路 |
get_citation_metrics | iCite RCR 排序 | |
| 全文 |
get_fulltext(pmcid) |
| 取得 OA 全文 |
analyze_fulltext_access(pmids) | 確認 OA 狀態 |
| Session | get_session_pmids / get_session_summary | 取回搜尋結果 |
| 匯出 | prepare_export | RIS/BibTeX |
| 類別 | 工具 | 說明 |
|---|---|---|
| 解析 | ingest_documents(file_paths) | PDF 結構化解析（雙引擎） |
parse_pdf_structure(file_path) | Marker 高精度解析 | |
| 狀態 | get_job_status(job_id) | 追蹤非同步處理進度 |
| 瀏覽 | inspect_document_manifest(doc_id) | 取得完整資產清單 |
list_section_tree(doc_id) | 文件章節結構 | |
| 提取 | get_section_content(doc_id, section_path) | 取得特定段落內容 |
fetch_document_asset(doc_id, asset_type, asset_id) | 取得圖表等資產 | |
| 知識圖 | consult_knowledge_graph(query) | 跨文獻 RAG 查詢 |
| 方法 | 說明 |
|---|---|
save_reference_mcp(pmid) ✅ | 永遠優先 MCP-to-MCP 驗證 |
save_reference(article) ⚠️ | FALLBACK 僅 API 不可用 |
project_action(action="current") + 讀 .memory/activeContext.mdgenerate_search_queries(topic) → PICO 問題：parse_pico() → 並行 generate_search_queries() 各元素search_literature() 同時呼叫 → merge_search_results()expand_search_queries() | 引用網路 find_citing/related/references | get_citation_metrics(sort_by="relative_citation_ratio")save_reference_mcp(pmid)analyze_fulltext_access(pmids) → 確認哪些有全文可取得
b. 有全文者：get_fulltext(pmcid) 或下載 PDF → asset-aware ingest_documents(file_paths) → get_job_status() → inspect_document_manifest() → get_section_content(doc_id, "Methods") / get_section_content(doc_id, "Results")
c. 無全文者：在 metadata.json 記錄 fulltext_ingested: false + 原因
d. 產出 references/fulltext-ingestion-status.md 彙總表
e. 原則：未讀全文的文獻，後續寫作僅能引用 abstract 結論，不可引用具體方法或數據get_reference_for_analysis(pmid) → 取得該文獻的結構化全文包（abstract + fulltext，≤30K char）
b. runSubagent 啟動獨立 subagent，prompt 必須包含：
save_reference_analysis(pmid, summary, methodology, key_findings, limitations, usage_sections, relevance_score)
c. Subagent 完成後：analysis.json 已寫入 reference 目錄，metadata 標記 analysis_completed: true
d. 原則：主 Agent 後續寫作只使用 analysis_summary，不再重讀全文
e. Gate：所有引用的文獻必須通過分析（Pipeline Gate Phase 2.1 + Hook C10 強制檢查）format_references() + prepare_export(format="ris").memory/activeContext.md（進度 + 關鍵文獻 + 全文閱讀狀態 + 分析狀態 + 觀察筆記）| 時機 | 選擇 |
|---|---|
| 建立專案 or 探索？ | 先探索熟悉文獻 |
| 關鍵字 or PICO？ | 比較性問題用 PICO |
| 結果數量 | 50-300 繼續，<20 擴展，>500 限縮 |
| 篩選方式 | <30 逐篇，>30 用 RCR 排序 |